Réseau méthodologique MIA "Inférence de réseaux (biologiques)"

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thème prioritaire  : Construction de modèles complexes, inférence de structure
animateurs  : Julien Chiquet, Étienne Delannoy, Marie-Laure Martin-Magniette, Françoise Monéger, Guillem Rigaill et Nathalie Villa-Vialaneix

Contexte et enjeux du réseau

La compréhension de systèmes biologiques faisant intervenir de nombreux acteurs potentiels (e.g. protéines, métabolites, etc.) passe par l'identification d'interactions entre ces acteurs que l'on représente sous forme de réseaux. Les statisticiens et informaticiens ont développé ces dernières années toute une gamme de méthodologies pour inférer ces réseaux, souvent à partir de connaissances ou données très réduites. Des logiciels sont aujourd'hui accessibles et diffusés soit sous forme de paquetages libres (GGMSelect, SIMoNe, ParCorA, Banjo, etc.), soit sous forme commerciale (Ingenuity, Genevestigator, Pathway Tool, etc.).

En collaboration avec des biologistes, plusieurs chercheurs du département sont engagés au sein de projets de biologie des systèmes en microbiologie, en biologie végétale, en biologie animale. Toutefois la complexité du vivant fait que souvent les méthodes proposées ne sont pas pertinentes pour des organismes ayant des dizaines de milliers de gènes. C'est pourquoi la vocation de NETBIO est de créer un espace pour échanger sur les méthodes statistiques et bioinformatiques pour la construction et l'analyse de graphes et de discuter de l'adéquation de la modélisation par rapport aux problématiques biologiques.

Le poster de présentation du réseau (AG département MIA, septembre 2016) :

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