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Applications disponibles

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La plateforme POPS offre une expertise pour développer l’analyse du transcriptome par l’utilisation du séquençage à haut-débit d’ARN.

 

  • Conception du projet en interaction avec le collaborateur (technologie, planification, …).
  • Réalisation technique et production des données RNAseq.
  • Analyses bio-informatiques et statistiques adaptées pour fournir des résultats exploitables.
  • Interprétation des résultats.
  • Prise en charge de la soumission dans les bases de données.

 

Points forts

  • Versatilité :

                        Diversité des organismes.
                        Pluralité d’échantillons (type de culture, type d’organes, tissus …).
                        Adaptabilité au nombre d’échantillons (test, moyen et haut débit).

  • Interlocuteur dédié pour votre projet.
  • Pipelines d’analyses bioinformatiques et statistiques développés spécifiquement pour nos applications.

 

Applications proposées

  • Séquençage orienté des ARN polyAdenylés (le brin codant).
  • Séquençage non orienté des ARN polyAdenylés.
  • Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA …
  • Séquençage orienté des ARN non polyAdenylé (déplétion).
  • Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 75pg d’ARN total).
  • Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon.
  • Empreintes.
  • Cellule unique : en cours de développement.

Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques.

 

Options de séquençage

  • Séquenceur NextSeq 500
  • Accès aux séquenceurs HiSeq (CEA-CNS, Evry)
  • Single Read ou Paired-End
  • Longueurs de séquençage : 75, 100, 150 bases

 

Analyses bioinformatiques et statistiques 

  • Mapping
  • Analyse différentielle de gènes                                                                             
  • Assemblage
  • Traitement des smallRNA

Autres analyses possibles en collaboration avec l’équipe Réseaux Génomiques