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["Critères d'évaluation"]
["Non-conforme",0]
["A améliorer",33]
["Acceptable",66]
["Conforme",100]
["Exclus (NA)","NA"]

{"sheet":"EntentePrealable","index":1,"n_rows":46,"n_cols":8,"rows_kept":46,"cut":false,"hidden":false,"merged":[[0,2,0,4],[5,1,5,2],[6,1,6,2],[5,5,5,7],[6,5,6,7],[0,0,0,1],[4,0,4,7],[1,0,1,7],[42,6,42,7],[45,0,45,7],[30,6,30,7],[26,6,26,7],[40,0,40,7],[36,0,36,7],[38,0,38,1],[38,2,38,7],[39,0,39,7],[35,0,35,7],[44,0,44,7],[33,1,33,7],[25,0,27,0],[29,0,31,0],[25,1,27,1],[41,6,41,7],[22,0,23,0],[8,0,8,7],[14,6,15,6],[14,7,15,7],[13,0,13,7],[18,0,18,7],[23,3,23,7],[9,6,9,7],[10,6,10,7],[11,6,11,7],[21,0,21,7],[17,1,17,3],[9,1,9,3],[10,1,10,3],[11,1,11,3],[19,1,19,3]]}
[null,null,"Plateforme Métabolisme-Métabolome, IPS2                                                                             Avenue des Sciences, Bâtiment 630 - Université Paris-Saclay                                      91192 Gif sur Yvette\nTél : 01 69 15 33 95 – IPS2/Plateformes/SPOmics ",null,null,"Référence Qualité\nPCRE1_EN6001 ","Date        202304","Version              5"]
["Entente préalable"]
["Date",null,null,"Numéro de demande (à remplir par la Plateforme à réception) : ",null,"Référent(s)"]
[]
["1) Identité du demandeur"]
["Nom du demandeur",null,null,null,"Nom ou sigle du laboratoire"]
["E-mail",null,null,null,"Institution"]
[]
["2) Description du projet"]
["Titre du projet",null,null,null,null,"Valorisation prévue"]
["Objectif général",null,null,null,null,"Planification des analyses                  (Un traitement en urgence est soumis à l'accord préalable de la direction de la Plateforme.)","Normale : analyses réalisées normalement selon le planning de la Plateforme."]
["Les résultats acquis sur vos échantillons",null,null,null,null,"Date prévue pour la fourniture des échantillons"]
[]
["3) Description des échantillons"]
["Organisme (species) ",null,null,"Organe (Plant tissue)",null,null,"Nombre d'échan-tillons"]
["Autre organisme",null,null,"Genotype(s) (Variety/genotype)"]
[]
["Conditionnement des échantillons "]
["Préparation des échantillons\nL’envoi des échantillons est à accompagner du tableau d’informations dûment rempli, dans l'onglet \"Samples\" de ce fichier, avec pour exemple, 2 facteurs de variation étudiés X et Y (génotype, conditions de stress …). \n\n – Pour les analyses RMN, les échantillons doivent être fournis  sous forme d’extraits (extraits perchloriques lyophilisés de préférence). Contacter notre ingénieur référent pour savoir quelle quantité préparer et quel protocole utiliser.\n – Pour les analyses métabolomiques (HPLC, GC-MS), les échantillons à nous faire parvenir doivent être sous la forme de 5 mg de poudre issue d'un lyophilisat, ou bien sous la forme de 50 mg de matière fraîche en tubes Eppendorf conservés à –80°C. Pour les microorganismes et les cultures de cellules, prévoir 10 millions de cellules par échantillon.\n – Pour les nucléotides et cofacteurs (LC/MS/MS), les échantillons doivent être fournis soit sous forme d’échantillons congelés. Contacter notre ingénieur référent pour savoir quelle quantité préparer (en général, 500 mg de matière fraîche).\n – Pour les analyses isotopiques, les échantillons doivent être sous la forme de poudre issue d'un lyophilisat ou étuvat ou d'un composé cristallin purifié. Penser à demander à notre ingénieur référent la quantité à peser, car elle diffère d’un élément à l’autre (C, N, H)."]
["Echantillons isotopiques (en cas de demande EA-IRMS)"]
[]
["4) Technique d’analyse souhaitée "]
["Analyses métabolomiques","Type d'analyse"]
[null,"Une analyse statistique des résultats est demandée",null,"Cette analyse comprend la détermination des variables discriminantes et les valeurs propres associées (PCA), un clustering hiérarchique (HCL) et ANOVA à la demande."]
[]
["Analyses RMN","Nombre d’échantillons par durée d’acquisition (facultatif) : ",null,"< 1h"]
[null,null,null,"< 12h",null,"Type d'analyse"]
[null,null,null,"< 24h"]
[]
["Analyses élémentaires et isotopiques"," 13C ",null," Teneur % C "]
[null," 15N ",null," Teneur % N",null," Enrichissement des échantillons"]
[null," 2H",null," Teneur % H "]
[{"$f":"IF(ISBLANK(C23),IF(ISBLANK(G27),A30,A26),C23)","v":"Analyses élémentaires et isotopiques"}]
["Commentaire éventuel"]
[]
["5) Paternité et tarification"]
["L’accès aux projets d’analyse métabolomiques est possible dans le cadre de collaborations entre la Plateforme Métabolisme-Métabolome et d’autres laboratoires, dans la mesure des ressources produites à l’IPS2."]
[]
["La tarification qui s'appliquera sera la suivante (en conformité avec le devis) :",null," Interne/collaboration scientifique: Le demandeur s'engage à ce que la Plateforme ait son nom associé à la production scientifique associée (ingénieur en charge des résultats et directeur de la Plateforme co-auteurs), comme indiqué dans l’accord de copaternité ci-dessous. "]
["Collaboration scientifique : Une réunion en distanciel ou sur site pour définir le(s) objectif(s) et question(s) biologique(s) du projet afin d’établir entre autre le plan d’expérience sera proposée. Les participants à cette réunion seront le ou les ingénieurs en charge du projet d’analyse ainsi que le Directeur Scientifique de la Plateforme. "]
["Accord de copaternité des productions \nLe demandeur s’engage à associer la Plateforme à toute production scientifique utilisant des données produites par la Plateforme, avec pour co-auteurs le ou les ingénieurs en charge du projet d’analyse ainsi que le Directeur Scientifique de la Plateforme. L’adresse à indiquer pour la Plateforme est la suivante : \nPlateforme Métabolisme-Métabolome, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), Université Paris-Saclay, CNRS, INRAE, Université Evry, Université Paris Cité, Bâtiment 360, Avenue des Sciences, 91190 Gif sur Yvette, France\nLe demandeur s’engage également à informer le Directeur Scientifique de la Plateforme (bertrand.gakiere@universite-paris-saclay.fr) avant toute production scientifique mettant en jeu des résultats obtenus sur la Plateforme, puis à lui transmettre un exemplaire de toute parution."]
["\nJe m’engage à respecter cet accord de copaternité.",null,null,"Date"]
["Nom du demandeur",{"$f":"B6","v":0},null,"Signature (scan accepté)"]
[]
["6) Bon de commande et paiement"]
["Cette demande d’analyse sera associée à un devis transmis au demandeur qui devra éditer un bon de commande correspondant au montant du devis et l’envoyer à gestion.pmm@u-psud.fr. Le paiement sera réalisé après émission d'une facture par l'IPS2. Pour plus d’informations ou si ce schéma ne correspondrait pas à votre échéancier financier, veuillez écrire à recettes@ips2.upsaclay.fr."]

{"sheet":"Echantillons","index":2,"n_rows":8,"n_cols":10,"rows_kept":8,"cut":false,"hidden":false,"merged":[]}
["ID tube","Sample number","Replicate","Species","Plant Tissue","Variety / genotype","Condition 1 ","Condition 2","Condition …","Weight (mg)"]
[null,1,"A"]
[null,2,"B"]
[null,3,"C"]
[null,4,"A"]
[null,5,"B"]
[null,6,"C"]
[null,"…"]

{"sheet":"MetadataDora","index":3,"n_rows":56,"n_cols":4,"rows_kept":56,"cut":false,"hidden":true,"merged":[[7,1,11,1],[25,1,26,1]]}
[]
[]
[]
[null,"Dataset Persistent ID "]
[null,"Citation Metadata"]
["case B10","Title ",{"$f":"CONCATENATE(EntentePrealable!E3,\" : \",EntentePrealable!B10)","v":" : "}]
[null,"Subtitle"]
["Nom du demandeur","Author ",{"$f":"EntentePrealable!B6","v":0}]
["case B6"]
[]
[]
[]
["référente - case G3","Contact",{"$f":"EntentePrealable!G3","v":0}]
["Objectif général - case B11","Description ",{"$f":"EntentePrealable!B11","v":0}]
["Résumé de la publication","Description "]
[null,"Subject ","Agricultural Sciences"]
["référente - case G3","Depositor ",{"$f":"EntentePrealable!G3","v":0}]
[null,"Deposit Date "]
[null,"Kind of Data (Data Type)","Dataset"]
[null,"Library Type "]
[null,"Organism ","species",{"$f":"EntentePrealable!B15","v":0}]
[null,"Organism ","genotype version",{"$f":"EntentePrealable!E16","v":0}]
[null,"Organism ","genotype version"]
[null,"Organism ","genotype version"]
[null,"Molecule type ","metabolites"]
[null,"Biosource characteristics ","tissue ",{"$f":"EntentePrealable!E15","v":0}]
[null,null,"tissue"]
[null,"Library Technology ","Agilent#VALUE Agilent GC MS"]
[null,"Library Protocols ","Sample collection"]
[null,"Library Protocols ","Extract Protocol"]
[null,"Library Protocols ","Analysis protocol"]
[]
[]
[]
[]
[]
[null,"Life Sciences Metadata"]
[null,"Design Type "]
[null,"Other Design Type "]
[null,"Factor Type "]
[null,"Other Factor Type "]
[null,"Organism "]
["case B15","Other Organism ","species",{"$f":"EntentePrealable!B15","v":0}]
[null,"Measurement Type ","other"]
["case A33","Other Measurement Type ",{"$f":"EntentePrealable!A33","v":"Analyses élémentaires et isotopiques"}]
[null,"Technology Type "]
[null,"Other Technology Type "]
[null,"Technology Platform "]
[null,"Other Technology Platform "]
["case E15","Cell Type ","tissue",{"$f":"EntentePrealable!E15","v":0}]
[]
[]
[null,"Plateforme Metabolisme Metabolome"]
[null,"DB ou DT"]
[null,"DI"]
["case E3","Cotation (Devis)",{"$f":"EntentePrealable!E3","v":0}]

{"sheet":"MetaDataINRAE","index":4,"n_rows":23,"n_cols":3,"rows_kept":23,"cut":false,"hidden":true,"merged":[[4,1,8,1],[4,6,8,6],[9,6,10,6],[11,6,14,6]]}
[null,"Identifiant pérenne du dataset "]
[null,"Date de publication "]
[null,"Title ",{"$f":"EntentePrealable!B10","v":0}]
["référente","Contact",{"$f":"EntentePrealable!G3","v":0}]
[null,"Author",{"$f":"EntentePrealable!B6","v":0}]
[]
[]
[]
[]
["référente","Contact",{"$f":"EntentePrealable!G3","v":0}]
["Résumé de la publication","Description ","Samples collection :\nExtract Protocol :\nAnalysis protocol :"]
[null,"Language ","English"]
[null,"Subject ",{"$f":"MetadataDora!C16","v":"Agricultural Sciences"}]
[null,"Depositor ",{"$f":"EntentePrealable!B6","v":0}]
[null,"Kind of Data ","Dataset"]
[null,"Related Publication "]
["Life Sciences Metadata","Measurement Type","Metabolite profiling ou other"]
["Life Sciences Metadata","Other Measurement Type"]
["Life Sciences Metadata","Organism ","species ou other"]
["Life Sciences Metadata","Other Organism"]
["Life Sciences Metadata","champ abandonné"]
["Life Sciences Metadata"]
["Life Sciences Metadata","Cell Type ","tissue"]

{"sheet":"Feuil1","index":5,"n_rows":73,"n_cols":5,"rows_kept":73,"cut":false,"hidden":true,"merged":[[29,0,29,2],[29,3,29,4]]}
[]
["LABEX SPS ou UPSaclay"]
["Externe "]
[]
["sont libres d’être rendus publics."]
["ne doivent pas être diffusés sans votre accord préalable, tant qu’ils n’ont pas été publiés (accord de confidentialité)."]
[]
["Article scientifique"]
["Compte-rendu de congrès, poster, ..."]
["Autre (livre, formation de TP, ...)"]
[]
["Normale : analyses réalisées normalement selon le planning de la Plateforme."]
["Urgente : tarification spécifique liée à l'urgence (voir notre grille tarifaire)."]
[]
["Les échantillons ne seront pas préparés dans des nacelles en étain et devront être pesés par la Plateforme."]
["Les échantillons seront fournis déjà pesés dans des nacelles en étain."]
[]
["Les échantillons seront conditionnés comme indiqué dans la note 'Préparation des échantillons' ci-dessous."]
["Les échantillons ne seront pas conditionnés comme indiqué ci-dessous. En conséquence, la Plateforme se réserve le droit de majorer la tarification (voir notre grille tarifaire)."]
[]
["Analyses RMN"]
["RMN 1H quantitative (profilage métabolique)"]
["RMN 13C quantitative"]
["RMN 15N quantitative (suivi de marquage)"]
["RMN 31P quantitative"]
[]
[]
[]
[]
["Analyses élémentaires et isotopiques",null,null,"Analyses métabol(om)iques"]
[" 13C "," Teneur % C "," Abondance naturelle"," GC-MS (métabolome)","Pour les analyses métabolomiques, une analyse statistique des résultats est demandée2 :"]
[" 15N "," Teneur % N"," Enrichi (marquage)"," HPLC (acides aminés)"]
[" 2H"," Teneur % H ",null," HPLC (sucres)","Oui"]
[null,null,null," LC-MS-MS (hormones)","Non"]
[null,null,null," LC-MS-MS (cofacteurs)"]
[]
[" Interne/collaboration scientifique: Le demandeur s'engage à ce que la Plateforme ait son nom associé à la production scientifique associée (ingénieur en charge des résultats et directeur de la Plateforme co-auteurs), comme indiqué dans l’accord de copaternité ci-dessous. "]
[" Externe/hors collaboration : prestation simple de la Plateforme sans exigence particulière. S'applique de manière générale aux laboratoires privés et aux laboratoires extérieurs au LABEX SPS ou à l’UPSaclay."]
[]
["GC-MS"]
["LC-MS-MS"]
["HPLC"]
["RMN"]
["EA-IRMS"]
[]
["Agricultural Sciences"]
["Medicine, Health and Life Sciences "]
[]
["Other"]
["Arabidopsis thaliana"]
["Bos taurus"]
["Caenorhabditis elegans"]
["Chlamydomonas reinhardtii"]
["Danio rerio (zebrafish)"]
["Dictyostelium discoideum"]
["Drosophila melanogaster"]
["Escherichia coli"]
["Hepatitis C virus"]
["Homo sapiens"]
["Mus musculus"]
["Mycobacterium africanum"]
["Mycobacterium canetti"]
["Mycobacterium tuberculosis"]
["Mycoplasma pneumoniae"]
["Oryza sativa"]
["Plasmodium falciparum"]
["Pneumocystis carinii"]
["Rattus norvegicus"]
["Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast)"]
["Schizosaccharomyces pombe"]
["Takifugu rubripes"]
["Xenopus laevis"]
["Zea mays"]

{"sheet":"Feuil2","index":6,"n_rows":57,"n_cols":5,"rows_kept":57,"cut":false,"hidden":true,"merged":[]}
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[]
[null,null,null,"Design Type "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"•","Other"]
[null,null,null,"Other Design Type "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"Factor Type "]
[null,null,null," "]
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[null,null,null,"Other Factor Type "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"Organism "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"•","Other"]
[null,null,null,"Other Organism "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"Measurement Type "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"Other Measurement Type "]
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[null,null,null,"Technology Type "]
[null,null,null," "]
[null,null,null,"•","mass spectrometry"]
[null,null,null,"•","Other"]
[null,null,null,"Other Technology Type "]
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[null,null,null,"Technology Platform "]
[null,null,null," "]
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[null,null,null," "]
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[null,null,null," "]
[null,null,null,"Plateforme Metabolisme Metabolome "]
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[null,null,null," GC-MS (métabolome)"]
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