- Présentation
- Recherche
- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
- REGARN : Les ARN non-codants, des acteurs de la plasticité développementale de la racine
- ChromD : Dynamique des chromosomes
- SILEG : Voies de signalisation contrôlant le développement du système racinaire des légumineuses
- FLOCAD : Développement floral et déterminisme du sexe
- Qlab : Equipe Génomique et épigenomique quantitative des plantes
- DPHYS : Département Physiologie et Signalisation
- PMIN : Département Interactions Plantes Micro-organismes et Réseaux
- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
- Enseignement
- Plateformes
- Bases de données
Services et tarification
Concevoir en amont pour analyser en aval
Équipements -//- Applications disponibles -//- Entente préalable -//- Tarification
La plateforme transcriptomique POPS (Plateforme de Transcriptomique des Plantes de Paris-Saclay) réalise des projets d’étude du transcriptome en collaboration avec des équipes de recherche nationales et internationales. Elle offre une expertise pour l’analyse de l’expression comparative des gènes par l’utilisation du séquençage à haut débit de l’ARN, ou RNA-seq. Cette offre est complétée par l’analyse bio-informatique et statistique des données brutes permettant l’étude quantitative du transcriptome.
Toutes les expériences transcriptionnelles analysées sont accessibles par 2 bases de données :
- CATdb est notre système de gestion de laboratoire développé par l'équipe Réseaux Génomiques. Cette base de données garantit la traçabilité, un stockage sécurisé, un accès à la conception expérimentale et aux analyses statistiques.
- GEO est un référentiel international indispensable à la publication des expériences, l'exportation des données de CATdb vers GEO est traitée automatiquement.
La plateforme POPS est spécialisée dans les plantes. A ce jour nous avons travaillé sur plus de 80 espèces différentes.
La plateforme est labellisée IBiSA depuis 2008 et « Infrastructure Scientifique Collective » par la Commission Nationale des Outils Collectifs d’INRAE depuis 2021, après avoir été « Plateforme Stratégique Nationale » depuis 2008. Elle est aussi certifiée ISO9001 depuis 2012 et membre de l'infrastructure nationale France Génomique.
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