Applications disponibles

 Équipements -//- Applications disponibles -//- Entente préalable -//- Tarification

La plateforme POPS offre une expertise pour développer l’analyse du transcriptome par l’utilisation du séquençage à haut-débit d’ARN.

• Conception du projet en interaction avec le collaborateur (technologie, planification, …).
• Réalisation technique et production des données RNAseq.
• Analyses bio-informatiques et statistiques adaptées pour fournir des résultats exploitables.
• Interprétation des résultats.
• Prise en charge de la soumission dans les bases de données.

Points forts

• Versatilité :

                        Diversité des organismes.
                        Pluralité d’échantillons (type de culture, type d’organes, tissus …).
                        Adaptabilité au nombre d’échantillons (test, moyen et haut débit).

• Interlocuteur dédié pour votre projet.
• Pipelines d’analyses bioinformatiques et statistiques développés spécifiquement pour nos applications.

Applications proposées

• Séquençage orienté des ARN polyAdenylés (le brin codant).
• Séquençage non orienté des ARN polyAdenylés.
• Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA …
• Séquençage de longs fragments (projets collaboratifs)
• Séquençage orienté des ARN non polyAdenylé (déplétion).
• Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 75pg d’ARN total).
• Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon.
• Empreintes.
• Cellule unique : en cours de développement.

Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques.

Options de séquençage

• Séquenceur NextSeq 500
• Accès aux séquenceurs HiSeq (CEA-CNS, Evry)
• Single Read ou Paired-End
• Longueurs de séquençage : 75, 100, 150 bases

Analyses bioinformatiques et statistiques 

• Mapping
• Analyse différentielle de gènes                                                 
• Assemblage
• Traitement des smallRNA

Autres analyses possibles en collaboration avec l’équipe Réseaux Génomiques