BIOINFORMATIQUE

UTILLdb

UTILLdb est la 1ère base de données TILLING crée sur la plateforme en 2008 pour organiser et intégrer toutes les données relatives aux ressources phénotypiques et génomiques générées sur la plateforme (Dalmais et al., 2008). Deux types de données sont accessibles : les phénotypes morphologiques des mutants, organisés suivant une ontologie propre à chaque espèce et ouvert au public via l’interface web.

Les recherches sont faites par espèce soit par traits morphologiques désirés soit en naviguant dans la classification phénotypique. Les données de séquences des gènes tillés et les différents allèles détectés sont également recensés dans cette base. La mise à disposition de ces données au public se fait sous réserve de la publication des résultats et/ou de la clause de confidentialité signée entre le partenaire et l’INRA. La base de données recense 4 espèces (pois, tomate, Brachypodium et le lin)

Lors du passage au TILLING par séquençage NGS, cette base de données a cessé d’être implémentée en nouvelles données génomiques, au bénéfice de SENTINEL.

 

Article référence

  • UTILLdb, a Pisum sativum in silico forward and reverse genetics tool. Dalmais M, Schmidt J, Le Signor C, Moussy F, Burstin J, Savois V, Aubert G, Brunaud V, de Oliveira Y, Guichard C, Thompson R, Bendahmane A. . Genome Biol. 2008;9(2):R43

SENTINEL

SENTINEL est un logiciel simple d’utilisation permettant aux utilisateurs de la plateforme aussi bien d’analyser des données de séquençages NGS que d’archiver les résultats. Il combine un pipeline d’analyse bioinformatique avec des bases de données d’archivages.

 

SENTINEL permet l’’identification rapide de mutation rare dans des populations de mutants de grande taille. Le système d’analyse bioinformatique permet d’obtenir la nature, le type et la position de la mutation et d’identifier directement l’individu muté, à partir de données de séquençage.

 

D’un autre côté, les bases de données qui lui sont associées comprennent différentes informations liées aux criblages tels que la structure des populations TILLING disponibles au laboratoire, les données génomiques relatives aux gènes étudiés ou encore l’archivage et la traçabilité des résultats.

 

SENTINEL a été validé sur 38 collections TILLING représentant 11 espèces d’intérêt agronomiques et plus de 1799 amplicons ont déjà été criblés. Il fait régulièrement l’objet de mise à jour avec de nouvelles fonctionnalités comme le stockage ou l’affichage des données produites (liste de mutants).

 

Ce logiciel a fait l'objet d’une Déclaration d'invention pour les œuvres informatiques certifiée par l’agence pour la Protection des programmes.

  • SENTINEL, SOFTWARE dedicated to TILLING by NGS Analysis. Bendahmane, A., Marcel F., Dalmais M., Beaumont G., Mania B.  Certifier par l’Agence pour la Protection des programmes. Inter Deposit Digital Number.FR001.240004.000.R.P.2016.000.10000

PHENORIA

PHENORIA est une application Android pour la collecte de données via un téléphone portable ou une tablette. Elle a été développée sur la plateforme pour faciliter la collecte et l’organisation des données de phénotypage sur les collections de mutants, quel que soit l’endroit de production. Chaque utilisateur peut créer son expérimentation, la décrire (lieu, date de semis, espèce, etc.) et y adjoindre l’ontologie des phénotypes à observer. A chaque observation, l’utilisateur l’enregistre dans le dossier de l’expérimentation et peut y associer des photos. Le dossier peut être partagé par différents utilisateurs.

 

Article référence

  • PHENORIA, an Android based app for managing Plant Phenotypic Data. Mania B. Gomez V. Boualem A. Bendahmane, A. Non publiée.