- Présentation
- Recherche
- FunRNA : Conservation fonctionnelle des longs ARN non codants des plantes
- FLOCAD : Développement floral et déterminisme du sexe
- Qlab : Equipe Génomique et épigenomique quantitative des plantes
- ChromD : Dynamique des chromosomes
- SILAB : Voies de signalisation régulant l'architecture du système racinaire des légumineuses en réponse à des bactéries bénéfiques
- CCARS : Changement climatique et signalisation redox
- STRESS : Voies de signalisation du stress
- OGE : Expression des génomes des organites
- COMPAS : Modélisation mathématique et informatique pour les études plant-omics
- GDYNPATH : Dynamique du génome et résistance aux agents pathogènes
- Analyse à l'échelle du génome des gènes NL dans le génome du haricot commun
- Développement et mise en œuvre de VIGS pour le haricot commun et le pois à l'aide du BPMV
- Résistance des plantes dans le contexte du changement climatique et de l'agriculture biologique
- Équipe GDYNPATH V. Geffroy
- Publications GDYNPATH V. Geffroy
- Collaborations GDYNPATH V. Geffroy
- GUILLOTIN Lab
- Enseignement
- Plateformes
- Bases de données
Analyses bioinformatiques et statistiques
Concevoir en amont pour analyser en aval
Déroulé d'un projet -//- Analyses bioinformatiques et statistiques -//- Équipements
Les services de POPS peuvent inclure les analyses bioinformatiques et statistiques des données générées. Ceci est possible grâce à l’implication de l’équipe « Réseaux génomiques » de l’IPS2 connue pour ses développements de méthodes et de pipelines pour les données omiques.
Dans le cadre du « service intégré », POPS propose systématiquement un pré-processing pour s’assurer de la qualité des données et le stockage durant 6 mois après envoi aux collaborateurs (dans la limite de 1 Tera). Ce service peut être complété par d’autres services tels que :
- Une analyse bioinformatique par échantillon pour fournir une table de comptage
- Une analyse bioinformatique et statistique du RNA-seq classique (analyses différentielles, analyses de coexpression, tests d’enrichissements, étude des éléments cis-régulateurs de la transcription)
- Une analyse bioinformatique et statistique du single-cell (identification des clusters de cellules, des biomarqueurs et analyses différentielles)
- Une analyse bioinformatique et statistique pour le criblage transcriptomique.
- Une construction d’un transcriptome de référence (génome de référence non accessible) et analyse bioinformatique et statistique
- Assemblage et annotation de transcriptome de novo (dont Nanopore)
Une analyse bioinformatique et statistique faite par POPS assure que les données sont privées durant une période décidée avec le collaborateur puis rendues publiques grâce au dépôt des données dans base internationale du NCBI (GEO/SRA).