SPOmics : Interactome, Métabolome, Transcriptome

SPOmics (Saclay Plant Omics) intègre trois plateformes de l'Institut des sciences végétales de Paris-Saclay (IPS2). Son objectif est de générer et d'intégrer des données moléculaires à haut débit pour des projets multi-échelles sur des espèces végétales modèles et non modèles. SPOmics offre différents niveaux d'analyse à la communauté des sciences végétales (au niveau national ou international) :

• Une expertise pour quantifier l'expression des gènes dans les plantes en utilisant des approches de séquençage à haut débit  (stranded RNA-seq, Small RNA-seq, Ultralow RNA-seq, footprinting …)

• Un pipeline robotisé pour le criblage en double hybride chez la levure contre une collection de 12 000 protéines d’Arabidopsis,

• Une expertise dans diverses méthodes métabolomiques à haut débit afin d'analyser les métabolites d'échantillons biologiques complexes et la composition isotopique (C-13 ou N-15) d’échantillons bruts ou pré-purifiés,

• Des outils bioinformatiques et statistiques pour l'analyse quantitative des données « Omiques ».

 

En plus du service d’analyse, nous offrons une véritable collaboration avec nos laboratoires partenaires. Nous nous impliquons dans toutes les étapes des analyses : aide au choix expérimentaux, réalisation des expériences, analyse bioinformatique et statistique, aide à la rédaction de manuscrits et soumission des données dans des bases de données internationales si nécessaire.

Contact : spomics @ ips2.upsaclay.fr