Déroulé d'un projet

Déroulé d'un projet -//- Analyses bioinformatiques et statistiques -//- Equipements

Après toute demande de projet, une réunion est organisée en distanciel ou sur site afin de définir le(s) objectif(s) biologique(s) du projet et valider le plan expérimental. Les participants sont le(s) collaborateur(s) et les membres concernés de la plateforme POPS.

Par la suite, un mail est envoyé par la plateforme contenant 3 documents :

Devis (pdf)
L’entente préalable (word) qui permet d’être d’accord sur la prestation proposée
SamplesList (Excel) qui permet d’avoir un listing des échantillons et les informations nécessaires pour la soumission des données

Les collaborateurs s’engagent à remplir les fichiers « entente préalable » et « SamplesList » et à signer le devis proposé par la plateforme. Après réception des documents complétés et des échantillons, le projet est validé sur la plateforme. Attention si un document est manquant ou incomplet le projet ne peut pas débuter et n’entre pas sur la liste d’attente.

Une fois le projet validé, les étapes opérationnelles ci-dessous sont effectuées :

Extractions des ARNs
Contrôle qualitatif des ARNs par pool de 96 échantillons sur fragment analyzer (Agilent)
Contrôle quantitatif des ARNs individuels sur clariosar (BMG Labtech)*
Construction des banques selon le protocole choisi avec les collaborateurs
Contrôle qualitatif du pool de 96 ou 384 échantillons sur fragment analyzer (Agilent)
Contrôle quantitatif du pool de 96 ou 384 échantillons sur clariostar (BMG Labtech)*
Séquençage par notre prestataire extérieur (avant chaque envoi la plateforme anonymise le nom des différents échantillons afin de respecter la confidentialité)
Désanonymisation et pré-processing des données afin de s’assurer de la qualité reçue*
Analyses bioinformatiques
Analyses statistiques
Envoi des données brutes par lien filesender et des résultats
Lors de la publication des données, la plateforme s’engage à rédiger le matériel et méthode du projet

Les étapes en italique sont en option (voir ci-dessous).

Les étapes avec « * » signifient qu’un mail est envoyé au collaborateur pour le tenir informer de l’avancée du projet.

Pour répondre au mieux aux besoins des collaborateurs, la plateforme propose différentes options d’analyses :

B0 : stockage des données brutes pendant 6 mois (dans la limite de 1 Tera)
B0_mc : l'option B0 avec les analyses bioinformatiques
B1 : l’option B0_mc est complétée par des analyses statistiques