- Présentation
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- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
- REGARN : Les ARN non-codants, des acteurs de la plasticité développementale de la racine
- ChromD : Dynamique des chromosomes
- SILEG : Voies de signalisation contrôlant le développement du système racinaire des légumineuses
- FLOCAD : Développement floral et déterminisme du sexe
- Qlab : Equipe Génomique et épigenomique quantitative des plantes
- DPHYS : Département Physiologie et Signalisation
- PMIN : Département Interactions Plantes Micro-organismes et Réseaux
- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
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InterATOME
Le service de criblage à large echelle de l’équipe OGE
Les interactions entre protéines sont des éléments essentiels des systèmes biologiques et leur analyse peut fournir des indications précieuses sur les fonctions des protéines.
À ce jour, le système double-hybride chez la levure (Y2H) est seule méthode permettant la détection des interactions protéine-protéine à haut débit in vivo.
InterATOME, le service de criblage de l’équipe OGE a entièrement amélioré et automatisé le protocole Y2H qui a été précédemment utilisé pour le projet AIM. Grâce à l’utilisation de plaques 384 puits, à un protocole entièrement en milieu liquide et à l’utilisation de robots, nous proposons à nos collaborateurs de cribler un pool de 50 protéines hybrides (DB- X) contre la banque de protéines hybrides AD-AIM (environ 12000 protéines d’Arabidopsis) en deux mois.
Le Pipeline Y2H
Les plasmides portant les ORFs codant pour les protéines d’intérêt fournis par nos collaborateurs dans le vecteur pDEST - DB sont utilisés pour transformer des levures puis les protéines DB-X hybrides sont testées pour éliminer celles capables d’auto-activation. Les levures exprimant les protéines DB-X hybrides sont cultivées individuellement dans des milieux sélectifs, puis combinées en pools de 50 clones et criblées contre la banque AD-AIM.
Après identification des protéines candidates, une analyse matricielle en Y2H est effectuée par « déconvolution » des 50 DB-proies et par tests individuels contre les candidats AD-appâts. Une étape finale de séquençage des protéines AD- et DB- permet la validation de l’identité des protéines en interaction.
Chaque nouvel ORF criblé est intégré dans la banque AD- permettant une constante implémentation du réseau.
Prix (académique) : 12,500 euros pour un crible d’un maximum de 50 protéines DB-X.