Collaborations

Chez Arabidopsis, nous avons une collaboration à long terme avec le groupe d'Hervé Vaucheret à l'IJPB de Versailles qui a été partenaire de plusieurs de nos projets (RNAPATHS, EPIRNA du Labex, SPLISIL), où notre expertise en génomique, ARNnc, biochimie des RNP a été complémentaire à celle du groupe Hervé dans le silencing, les ARN aberrants, la génétique et la biologie des petits ARN. Nous avons également des collaborations avec le groupe de L. Nussaume au CEA de Cadarache sur l'impact de la carrence phosphate sur les réseaux de régulations de gènes, les miARNs et les long ARNnc. Nous collaboront avec M. Bennett et R. Swarup du CPIB à Nottingham sur l'analyse des longs ARNnc dans la formation des racines latérales. Plus récemment, nous avons entamé une collaboration avec les groupes de J. Bailey Serres à Riverside et B. Gregory à U-Penn, tous deux aux États-Unis, pour étudier l'interaction des ARNnc avec les mécanismes de traduction et différentes ribonucléoprotéines.

Chez Medicago, nous collaborons étroitement avec le laboratoire du LIPM, notamment les laboratoires de J. Gouzy, A. Niebel et P. Gamas, pour analyser le rôle des petits ARN et de longs ARNnc dans la symbiose des nodules. De plus, nous avons coordonné le programme MIRMED impliquant plus de 10 laboratoires différents en France.

À l'IPS2, notre collaboration la plus importante est celle avec l'équipe Moussa  Benhamed où nous avons contribué à différents axes de ses recherche portant sur les boucles chromatiniennes, les régulations de la chromatine et la régulation de cibles spécifiques afin d'évaluer l'impact des régulations épigénétiques sur la physiologie et le développement des plantes.

Nous avions également participé à des collaborations plus périphériques avec différentes équipes où notre expertise a aidé d'autres laboratoires pour leurs recherches, notamment avec le laboratoire de Moussa Benhamed (Latrasse et al., 2013 ; Jégu et al., 2014 ; Jégu et al, 2015 ; Veluchamy et al, 2016 et Jégu et al, 2018). Nous avons également collaboré avec plusieurs groupes en Argentine et en Espagne intéressés par l'action des ribonucléoprotéines spécifiques dans le traitement des introns, l'épissage des chloroplastes et les interactions virales avec les voies RQC (Torres-Quesada et al, 2013 ; Nisa Martinez et al, 2013 ; Carlotto et al, 2016 ; Conti et al, 2017). Notre expertise dans l'analyse de l'épissage nous a également permis de contribuer à des articles récents traitant de leur régulation en période de stress thermique (Ling et al., 2018 et Albihlal et al., 2018). De plus, notre connaissance de la biologie des miARN a également contribué à différentes collaborations sur de petits ARNs liés au déficit en eau des apex des racines de soja (Zheng et al., 2016) et sur la voie miR390/TAS3 de l'architecture radiculaire de Medicago (Hobecker et al., 2018). 

D'autres collaborations comprennent l'action de miR169 et des facteurs de transcription NFYA sur la symbiose et les réponses aux pathogènes (Boudin et al., 2015 et Hanemian et al., 2016). Il est intéressant de noter que nos collaborations avec le groupe d'Andreas Niebel à Toulouse et les groupes de M. E. Zanetti et plus récemment de F. Ariel en Argentine ont permis à notre laboratoire de lancer en 2018 un « Laboratoire International Associé » (LIA) du CNRS entre nos laboratoires en France et en Argentine. Ce projet se concentre sur l'étude de l'interaction des facteurs de transcription de la NFY avec les longs ARNnc ainsi que sur l'impact de NFY sur le « translatome » de l'ARNm. Il s'agit d'un projet de 4 ans qui permettra l'échange d'étudiants et de chercheurs seniors entre nos laboratoires et nos pays.