Intégration de données pour l'annotation fonctionnelle

L'équipe est impliquée dans plusieurs projets de biologie intégrative nécessitant la mise en relation de plusieurs ressources biologiques, de la prédiction bio-informatique et des analyses statistiques. Les bases de données et les interfaces graphiques sont des approches pertinentes pour organiser et visualiser les résultats.

Depuis plusieurs années maintenant, nous développons et maintenons les bases des données FLAGdb⁺⁺ et  CATdb  pour participer à l'amélioration de l'annotation fonctionnelle et relationnelle des gènes. Cela nous semble également le meilleur moyen de partager les résultats de nos analyses.

• FLAGdb⁺⁺  est une base dédiée à l'annotation structurale et fonctionnelle de 6 génomes de plantes

• CATdb  est la base recensant toutes données transcriptomiques produites par la plate-forme POPS depuis 2003.

Le module GEM2Net de CATdb présente les résultats d'une grande étude de co-expression chez la plante modèle Arabidopsis thaliana quand cette dernière est soumise à différents stress (18 catégories de stress sont disponibles). Des fonctions sont associées aux groupes de gènes co-exprimés grâce à une analyse bio-informatique (analyse de la GO, de la localisation subcellulaire des protéines, des familles d'hormone, de facteurs de transcription et enfin une liste de gènes déjà connus pour être impliqués dans les réponses aux stress). Des réseaux de gènes sont construits grâce à l'intégration de données d'interactome et de liaison de facteurs de transcription avec leurs cibles.