Applications disponibles

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La plateforme POPS offre une expertise pour développer l’analyse du transcriptome par l’utilisation du séquençage à haut-débit d’ARN.

Conception du projet en interaction avec le collaborateur (technologie, planification, …).
Réalisation technique et production des données RNAseq.
Analyses bio-informatiques et statistiques adaptées pour fournir des résultats exploitables.
Interprétation des résultats.
Prise en charge de la soumission dans les bases de données.

Points forts

Versatilité :

                        Diversité des organismes.
                        Pluralité d’échantillons (type de culture, type d’organes, tissus …).
                        Adaptabilité au nombre d’échantillons (test, moyen et haut débit).

Interlocuteur dédié pour votre projet.
Pipelines d’analyses bioinformatiques et statistiques développés spécifiquement pour nos applications.

Applications proposées

Séquençage orienté des ARN polyAdenylés (le brin codant).
Séquençage non orienté des ARN polyAdenylés.
Séquençage des petits ARN : miRNA, siRNA …
Séquençage de longs fragments (projets collaboratifs)
Séquençage orienté des ARN non polyAdenylé (déplétion).
Microtranscriptomique ou séquençage de très faible quantité d’ARN (à partir de 75pg d’ARN total).
Métatranscriptomique ou séquençage du transcriptome de plusieurs espèces à partir d’un même échantillon.
Empreintes.
Cellule unique : en cours de développement.

Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques.

Options de séquençage

Séquenceur NextSeq 500
Accès aux séquenceurs HiSeq (CEA-CNS, Evry)
Single Read ou Paired-End
Longueurs de séquençage : 75, 100, 150 bases

Analyses bioinformatiques et statistiques

Mapping
Analyse différentielle de gènes
Assemblage
Traitement des smallRNA

Autres analyses possibles en collaboration avec l’équipe Réseaux Génomiques