Soutenances de thèse de l'IPS2 à l'automne/hiver 2022

Ying HUANG

Bases moléculaires de l'organisation chromatine 3D chez Arabidopsis et la tomate au cours du développement, et en réponse au stress thermique

Mots clés : Organisation de la chromatine ; Polycomb, H3K27me3 ; HSFA1a ; interactions promoteur-amplificateur

Ma thèse a décrypté le rôle de la dynamique de la chromatine au cours du développement des plantes et en réponse à l'environnement. Tout d’abord, j’ai étudié chez Arabidopsis l'implication de la marque H3K27me3 de modification répressive des histones dans le développement de la plante. Nos résultats démontrent que la dynamique de l'organisation nucléaire façonne la reprogrammation transcriptionnelle au cours du développement, pointant la marque H3K27me3 comme étant une caractéristique de la co-régulation des gènes distants. De plus, j’ai aussi étudié chez la tomate les bases moléculaires de la réorganisation de la chromatine en réponse à un stress thermique. Nous avons révélé la complexité de la formation de boucles de contact d’éléments régulateurs distaux et proximaux, et le rôle clé de facteurs de transcription spécifiques dans le contrôle de la réponse transcriptionnelle via la reconfiguration 3D de la structure de la chromatine.

Date de soutenance : 4 Octobre 2022

Direction thèse : M. BENHAMED

Clément PICHOT

Identification et caractérisation fonctionnelle des éléments régulateurs des gènes contrôlant le déterminisme sexuel chez le melon

Mots clés : Cucumis melo L. ; Fleur, Elément régulateur ; Epigénomique

Les plantes à fleurs ont développé plusieurs stratégies biologiques pour augmenter la diversité génétique et empêcher l'autofécondation. Grâce aux processus de détermination du sexe, des fleurs unisexuées peuvent se développer sur la même plante (monoécie) ou sur des individus distincts (dioécie). Chez Cucumis melo, la plupart des fleurs sont mâles, les fleurs femelles ne se développant que sur les premiers nœuds des branches. L'objectif de ma thèse était d'étudier les éléments régulateurs orchestrant en cis- et trans- la mise en place des programmes sexuels. La stratégie proposée s’est basée sur l'analyse et l'intégration de données -omiques en masse ou à résolution cellulaire. D’abord, nous avons assemblé et annoté le génome du melon. Puis, nous avons utilisé le pipeline automatisé EgaCIP, une ressource pour analyser les données -omiques à l'aide d'approches d'apprentissage automatique. Enfin, nous avons développé le pipeline automatisé SAPTiCon, une ressource pour analyser les données d'ARN-seq de cellule/noyau unique.

Date de soutenance : 24 octobre 2022

Direction thèse : M. BENHAMED

Julien ROZIÈRE

Caractérisation des séquences cis-régulatrices dans les régions proximales des gènes chez les plantes

Mots clés : séquences cis-régulatrices ; transcription ; bioinformatique

La transcription des gènes constitue un processus essentiel dans la réponse adaptative des plantes aux contraintes environnementales. Les séquences cis-régulatrices correspondent à de courtes portions de l’ADN capables de moduler l’expression de gènes cibles. Bien que de nombreux travaux expérimentaux et bioinformatiques aient permis de progresser quant à notre connaissance des séquences cis-régulatrices présentes dans les régions proximales des gènes, leur caractérisation reste encore lacunaire. Dans ce contexte, cette thèse synthétise les travaux étudiant la structure et la fonction des séquences cis-régulatrices dans les régions proximales des gènes grâce à la détection de courtes séquences d’ADN préférentiellement localisées dans ces régions. Cette thèse a permis de caractériser de nouveaux éléments putatifs de la cis-régulation chez les plantes et d’identifier des séquences candidates impliquées dans la réponse commune aux stress chez Arabidopsis thaliana et pour lesquelles des validations expérimentales ont été initiées.

Date de soutenance : 14 décembre 2022

Encadrantes : M-L. MARTIN (IPS2) et S. COUSOL (IJPB)

23/01/2023