- Présentation
- Recherche
- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
- REGARN : Les ARN non-codants, des acteurs de la plasticité développementale de la racine
- ChromD : Dynamique des chromosomes
- SILEG : Voies de signalisation contrôlant le développement du système racinaire des légumineuses
- FLOCAD : Développement floral et déterminisme du sexe
- Qlab : Equipe Génomique et épigenomique quantitative des plantes
- DPHYS : Département Physiologie et Signalisation
- PMIN : Département Interactions Plantes Micro-organismes et Réseaux
- DGG : Département Génomique et Génétique du Développement
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Thèse hiver 2023
Ching-Hui CHUNG
Etude des processus contrôlant la nouaison chez le melon
Mots clés : Cucumis melo, nouaison, parthénocarpie, TILLING, RNA-seq
Le déclin des pollinisateurs et le réchauffement climatique menacent la fécondation des fleurs, compromettant ainsi la production de fruits. La parthénocarpie, qui permet le développement de fruits indépendamment de la fécondation, pourrait offrir une solution à ce problème. Cucumis melo, l'une des espèces fruitières les plus consommées au monde, est impactée par la diminution des pollinisateurs et les variations climatiques, ce qui affecte la nouaison. L'objectif de ma thèse consistait à examiner les processus cellulaires et moléculaires liés à la nouaison du melon. En effectuant des analyses comparatives des transcriptomes de fleurs pollinisées et de fleurs développant des fruits en l'absence de fécondation, nous avons pu identifier des gènes associés à la nouaison. L’analyse génétique des gènes candidats a permis d’identifier des régulateur potentiels de la nouaison chez le melon. Ces découvertes offrent des perspectives encourageantes en vue d'améliorer le processus de fructification chez l'ensemble des Cucurbitacées.
Date de soutenance : 14 Décembre 2023
Co-encadrants : Dr. A. Boualem et Dr. A. Bendahmane
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Naeif MATAR
Diversité génétique et déterminisme de la réponse du blé aux microorganismes bénéfiques appartenant au genre Trichoderma.
Mots clés : Triticum, Trichoderma spp., Endophytes, Acide indole-3-acétique, Rendement, Puccinia striiformis.
Le blé est l'une des cultures les plus importantes au monde. Sa production est affectée par une diversité de microorganismes rhizosphériques bénéfiques et pathogènes. Parmi eux, les espèces bénéfiques de Trichoderma peuvent être utilisées comme alternative aux engrais chimiques, étant bon marché et inoffensives pour l'environnement. Notre étude visait à isoler, identifier, et caractériser des souches de Trichoderma associées au blé au Liban. Deux souches (T. afroharzianum et T. guizhouense) ont été caractérisées comme endophytes améliorant la croissance et le rendement de différents génotypes de blé. Nos résultats indiquent que ces deux isolats de Trichoderma ont la capacité d'inhiber le développement du pathogène Puccinia striiformis in planta. Ainsi, ces espèces de Trichoderma ont le potentiel d'être utilisées comme engrais organiques pour le blé.
Date de soutenance : 22 novembre 2023
Co-encadrants : Dr. P. Ratet, Pr. F. As-Sadi et Dr. N. El Bostany
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Clara BERGIS SER
Identification de nouveaux facteurs impliqués dans la réponse aux lésions de l'ADN chez Arabidopsis
Mots clefs : Lésions, ADN, Facteurs, Réponse
Les plantes sont constamment soumises à des stress génotoxiques, pouvant conduire à des dommages de l’ADN. Un de ces stress est le stress réplicatif, qui est induit lorsque les fourches de réplication sont bloquées. Plusieurs mécanismes permettent alors de répondre à ce stress : certains agissent en limitant la formation des dommages de l’ADN ou en les réparant rapidement, d’autres en les signalant, ce qui entraine une cascade de réponses conduisant à leur réparation ou à l'élimination des cellules endommagées. Ma thèse a traité de ces deux types de mécanismes. Nous avons montré que les polymérases θ et la protéine LUMINIDEPENDENS permettent de limiter la formation des dommages liés au stress réplicatif en les évitant ou en les réparant rapidement. Nous avons aussi montré que les protéines E2Fs sont capables de réguler l’expression de gènes de réponse aux dommages de l’ADN, permettant ainsi à la cellule de répondre au stress réplicatif.
Date de soutenance : 13 décembre 2023
Encadrante : Dr. C. Raynaud
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Yacine DJABALI
Exploitation de données multi-omiques pour élucider les bases génétiques et moléculaires de caractères complexes dans le cadre de la réponse du maïs à la sécheresse
Mots-clés : biologie des systèmes, génétique d'association, intégration de données multi-omiques, réseaux moléculaires, relation génotype-phénotype, interaction génotype-environnement
Le maïs est au centre des recherches visant à améliorer les variétés pour les rendre plus résistantes au stress hydrique. Cependant, la tolérance à la sécheresse est un caractère polygénique qui dépend fortement de l'environnement, ce qui fait de la compréhension de son déterminisme génétique une tâche considérable. Grâce aux avancées des biotechnologies, il est possible de générer des ensembles de données multi-omiques permettant d'appliquer des approches systèmiques. Durant cette thèse, j’ai mené une approche de génétique des systèmes en intégrant des données de génomique, de protéomique et de phénomique pour i) inférer un réseau multi-échelles révélant les bases génétiques et moléculaires de la réponse au stress hydrique, ii) évaluer l’apport des données de protéomique pour expliquer la variance de l’intéraction Genotype x Disponibilité en eau (GxW), et iii) fournir une annotation fonctionnelle des QTLs maximisant la proportion de variance GxW capturée.
Date de soutenance : 13 décembre 2023
Co-encadrantes : Dr. M. Blein-Nicolas et Dr. M-L. Martin
16/01/2024