Thèses soutenues à l'IPS2 début 2024

Simon GOSSET

Annotation fonctionnelle du protéome d’Arabidopsis thaliana via l’analyse et la prédiction de son interactome

Mots clés : Interaction protéine-protéine, complexe protéique, interactome, annotation, réseau, AlphaFold

Le fonctionnement des cellules est assuré par un ensemble d’interactions entre les protéines. Identifier les couples de protéines en interaction (PPI) impliqués dans un processus biologique donné permet de mieux comprendre son fonctionnement global. Pour cela, il existe un ensemble de méthodes expérimentales, trop coûteuses pour explorer l’ensemble des interactions mises en jeu. Au cours de ma thèse au sein de l’équipe GNET de l’IPS2, une méthode permettant de construire un réseau de PPI impliquant des protéines d’intérêt a été mise en place. Elle permet de rechercher toutes les protéines impliquées dans un même processus biologique et qui sont fortement interconnectées dans un sous-réseau, que j’ai complété en ajoutant des PPI prédites avec « Alphafold-Multimer ». En parallèle, j’ai produit un jeu de données décrivant les caractéristiques physico-chimiques des PPI afin de distinguer les interactions correctement prédites de celles non-identifiées par la méthode mise en place.

Date de soutenance : 2 février 2024

Encadrante : Marie-Hélène Mucchielli Giorgi (IPS2, Saclay)

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Adrien JUGAN

Les couverts végétaux : un levier de façonnement des communautés microbiennes du sol ?

Mots clefs : Couverts végétaux, « Metabarcoding », Sol, Diversité, « SynComs »

Les couverts végétaux sont un levier majeur de l'agriculture. Ils offrent de nombreux services écosystémiques reposant notamment sur la richesse microbienne du sol, également appelée microbiote. L'entreprise Cérience possède un catalogue de variétés végétales englobant plusieurs variétés d'avoines (graminées) et de vesces (légumineuses), sans connaissances précises sur leurs propriétés d'interaction avec le microbiote du sol. Ma thèse Cifre (partenariat public-privé) avait pour objectif d'étudier l'impact de la complexité génétique du couvert végétal sur les communautés microbiennes du sol (la rhizosphère). Par la réalisation d'une expérience de rotation culturale en champs sur 3 ans, nous avons identifié certains « clusters » microbiens marqueurs d'un microbiote de couverture. Une approche complémentaire par utilisation de Communautés Synthétiques (« SynComs ») a révélé les conséquences d'un enrichissement bactérien sur la diversité des communautés rhizosphériques.

Date de soutenance : 13 Février 2024

Co-encadrants : Dr. P. Ratet (IPS2-Saclay), Dr. N. Harzic (Cerience) et Dr. S. Mondy (INRAE, Dijon)

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Andana BARRIOS

Les ARNs longs non-codants : ont-ils un rôle dans la modulation de l’activité de facteurs de transcription partenaires chez Arabidopsis thaliana ?

Mots clés : long ARN non-codant, facteur de transcription, développement racinaire, Arabidopsis, stress chaleur

Les racines des plantes peuvent modifier leur croissance pour s'adapter à l'environnement, et cette réponse dépend de la façon dont certains gènes sont activés ou désactivés. Pendant ma thèse, nous avons exploré deux facteurs de transcription, NF-YA10 et NF-YA2, qui sont importants pour ce processus. En utilisant des technologies de pointe pour le phénotypage, la biologie moléculaire et la biologie cellulaire, nous avons précisé comment ces protéines affectent l’architecture du système racinaire. Elles interagissent notamment avec un long ARN non codant nommé AtBAMBOO qui changerait partiellement la localisation subcellulaire de NF-YA2, modulant ainsi la régulation de ses gènes cibles. AtBAMBOO est également capable de déplacer NF-YA2 des promoteurs de ses gènes cibles. Cet ARN long non-codant semble donc jouer un rôle spécifique dans le développement des racines, mais également en réponse à un stress chaleur.

Date de soutenance : 4 avril 2024

Co-encadrants : Federico Ariel (IAL, Argentine) et Martin Crespi (IPS2, Saclay)

14/05/2024