Thèses de Doctorat récemment soutenues à l'IPS2

Hadi KHARESTANI

Ingénierie allélique du gène eIF4E pour la résistance aux virus Potyviridae chez le melon par édition du génome

Mots-clés : Melon, transformation génétique, édition de bases, résistance au virus.

Le melon (Cucumis melo L.) est une plante récalcitrante à la transformation génétique. Dans une première partie de ce travail de thèse, au sein de l’équipe FLOCAD à l’IPS2, le développement d’un protocole de transformation génétique a permis l’ingénierie génomique chez les variétés de melon Charentais et Khatooni. Afin de générer des plantes résistantes au potyvirus, cinq ARN guide CRISPR ont été définis afin de perturber la liaison de l’ARN viral avec le facteur eucaryotique d’initiation de la traduction, CmeIF4E. Grâce à ces travaux, nous avons obtenu 17 lignées éditées parmi lesquelles 7 plantes présentaient des altérations avec des effets délétères potentiels sur la fonction de CmeIF4E. Afin de valider l’effet de l’édition du gène CmeIF4E, la plante éditée au niveau de l’acide aminé 320 a été infectée par le virus Apple Latent Spherical Virus, ALSV, et a montré une résistance accrue au virus ALSV.

26 janvier 2022

Directeur et co-encadrant : Adnane Boualem et Mohammad Sadegh Sabet

Adrien SPECK

Cartographie génétique et méthode de sélection pour la résistance aux bio-agresseurs du lin (Linum usitatissimum)

Mots clés : lin, Oïdium, Résistance, GWAS, QTL.

L'oïdium est l'une des maladies les plus importantes du lin. La résistance génétique des variétés est essentielle pour le contrôle de cette maladie, mais très peu de gènes de résistance ont été identifiés à ce jour. Pour accéder à un programme de sélection assistée par marqueurs, plusieurs travaux ont été réalisés : (i) La constitution d’un panel de diversité mondiale composé de 311 génotypes de lin, (ii) Le développement d’une méthodologie de génotypage par séquençage qui a permis l’identification de 1 693 910 SNPs, et enfin, (iii) L’analyse de la structure de la population qui a permis d’identifier quatre grands groupes génétiques, séparant les accessions de lin oléagineux originaires d'Amérique/Europe de celles d'Asie/Moyen-Orient, et les accessions de lin fibre originaires d'Europe de l'Est de celles d'Europe occidentale. Les analyses GWAS ont révélé huit QTLs portant des gènes candidats prometteurs pour la résistance du lin à l’oïdium.

10 février 2022

Encadrants : Jérôme Enjalbert, Valérie Geffroy et Jean-Paul Trouvé

Marine GUILCHER

Analyse fonctionnelle de la protéine GUN, de ses partenaires, et de leurs rôles dans les signaux rétrogrades du chloroplaste

Mots clefs : Signalisation rétrograde, protéine à répétition pentatricopeptidique, expression du génome du plaste

La coordination de l’expression des génomes nucléaire et plastidial repose sur la communication entre ces deux structures cellulaires. La protéine GUN1 a été identifiée comme étant l’une des principales composantes de la signalisation rétrograde (du plaste au noyau) ; cependant, sa fonction moléculaire reste inconnue. GUN1 fait partie d’une famille de protéines à motifs pentatricopeptides répétés, qui sont spécialisées dans les interactions avec les ARN. Dans le cadre de ce travail de thèse réalisé au sein de l’équipe OGE à l’IPS2, en couplant des analyses de phylogénie à des approches bio-informatiques, nous avons pu attribuer une cible ARN potentielle à GUN1. En étudiant le transcriptome associé aux mutants gun1, un défaut moléculaire caractérisant potentiellement l’interaction directe entre GUN1 et sa cible a pu être identifié.

8 mars 2022

Directrice et co-encadrant : Claire Lurin et Etienne Delannoy

13/05/2022