Le séquençage de 3ème génération arrive à l’IPS2.

La plateforme SPomics complète l’offre de séquençage de l’IPS2 par l’acquisition du système de séquençage de 3^ème génération MinIon de la société Oxford Nanopore. Ce séquenceur permet d’obtenir des longueurs de séquence de plusieurs milliers de paires de bases et ainsi d’offrir de nouvelles applications. Ce système sera utilisé en analyse du transcriptome pour l’étude des isoformes et de l’épissage alternatif chez les espèces modèles et permettra de générer un transcriptome de référence de haute qualité pour les espèces végétales dont le génome n’est pas disponible. En génomique, le MinIon pourra être utilisé pour l’étude des remaniements génomiques et pour faciliter l’assemblage de novo de génomes. Basé sur un principe de séquençage totalement différent, ce séquenceur est complémentaire du NextSeq500 et du MiSeq de la société Illumina qui équipent les plateformes de l’IPS2 depuis plusieurs années