Attention aux mauvaises interprétations des analyses -omiques !

Diagramme de Venn et peu de réplicats identifient à tort une grande proportion de DEG specifiques

Les analyses omiques sont une étape clé pour chercher des événements spécifiques à une condition donnée, et s'appuient souvent sur des diagrammes de Venn. Ainsi, dans les expériences sur le stress, on cherche des gènes exprimés différentiellement exclusivement en cas de stress combiné, car ces gènes seraient la preuve que l'effet du stress combiné serait différent de la somme des effets des stress individuels.

Dans un article publié dans Nature Plants (Ferraro et al. 2026), les équipes Gnet et OGE ainsi que différents collaborateurs de l’IPS2 ont testé la pertinence de ce raisonnement. Avec les plateformes POPS, PAPPSO et Phenoscope, elles ont généré un jeu de données transcriptomiques et protéomiques avec une condition contrôle, deux stress simples et la combinaison des deux stress, et ceci pour 22 réplicats biologiques.

Avec ce jeu de données, Ferraro et al. démontrent que l’identification de réponses spécifiques avec des diagrammes de Venn génère beaucoup de faux-positifs. Cela s’explique par la faible puissance statistique inhérente à la plupart des études omiques contenant peu de réplicats (habituellement de l’ordre de 3).

Ferraro et al. 2026 soulignent ainsi la nécessité d'interpréter avec prudence toute affirmation relative à la spécificité de ce type de réponses omiques, et plaident en faveur d'une amélioration de la modélisation statistique afin d’éviter des interprétations biologiques trompeuses.

Évolution du nombre de vrais et faux DEG spécifiques en fonction du nombre de réplicats. (à gauche) Diagramme de Venn des DEG en stress simple et combiné; (à droite) Nombre de gènes correc-tement identifiés comme spécifiques (bleu), faussement identifiés comme spécifiques (rouge) et faus-sement identifiés comme différentiels (gris) en fonction du nombre de réplicats.

22/06/2026